Der Dreißigjährige Krieg ging auch am Martinshof nicht spurlos vorbei. Es gab einige Auswirkungen des Krieges. Der Krieg war erst zehn Jahre alt und der protestantische Widerstand eigentlich gebrochen, als das Restitutionsedikt von Kaiser Ferdinand II. im Jahr 1629 in Kraft trat. Es kehrten von 1629–1631 und von 1634–1648 noch einmal katholische Mönche aus Ochsenhausen in das Kloster Alpirsbach zurück. Das Edikt forderte nämlich die Rückerstattung aller seit 1555 von protestantischen Fürsten eingezogenen geistlichen Besitztümer. Auch der Martinshof stand hierdurch wieder unter katholischem Einfluss.
Pater Alphons Kleinhans von Muregg, der 1639 durch die Wahl in Petershausen der neue Abt von Alpirsbach wurde, verkaufte im Jahr 1647 schließlich den Martinshof zum Preis von 3300 Gulden an das katholische Fürstentum Fürstenberg. Heute entspräche dieser Preis in etwa 110.000 Euro und lag für damalige Verhältnisse deutlich unter dem tatsächlichen Wert des Martinshofs. Der Verkauf kam in dieser Form nur zustande, da das Alpirsbacher Kloster aufgrund hoher Schuldenberge unter großem finanziellem Druck stand. Die Fürstenberger, die offensichtlich ein anhaltend großes Interesse am an der Gemarkungsgrenze gelegenen Martinshof hatten, nutzten diese Gunst der Stunde zu ihrem Vorteil.
Der Martinshof blieb allerdings nicht lange in Fürstenberger Händen, da sich infolge der repressiven Forderungen des Restitutionsedikts neuer protestantischer Widerstand formte. 1648 beendete der Westfälische Frieden dann endgültig den Dreißigjährigen Krieg, womit auch dieses kaiserliche Edikt aufgehoben wurde. Herzog Eberhard von Württemberg forderte den Martinshof gegen Erstattung der damaligen Kaufsumme zurück. Auch das Kloster Alpirsbach wurde wieder evangelisch.