Da der Martinshof zwischen Fischerbach und Hausach gleich an mehrere Herrschaftsgebiete angrenzte, kam es vor allem zwischen Württemberg und Fürstenberg zu verschiedenen Streitigkeiten – womöglich auch getrieben von den sich unterscheidenden Konfessionen der beiden Adelshäuser. Von 1560 bis 1563 ging es bereits darum, wessen Gesetz auf dem Martinshof zu gelten habe. Der Herzog von Württemberg bestätigte wieder einmal die alleinigen Vogteirechte des Abts von Alpirsbach über den Martinshof. Da der Hof zu dieser Zeit allerdings an Conrad Baumann von Hausach verpächtet war, war das Haus Fürstenberg der Meinung, dass dessen Gesetze zu gelten habe. Wie sich beide Parteien einigten ist unklar. Lange hielt die Ruhe jedenfalls nicht an.
Denn ein weiterer Streit zwischen Fürstenberg und Württemberg soll sich von 1581 bis 1586 erstreckt haben. Den Fürstenbergern entgingen aus ihrer Sicht unrechtmäßig Steuereinnahmen von den Pächtern, die im Umland des Martinshofs einen Rebenanbau unterhielten. Es folgte ein Urteil, welches dem Haus Fürstenberg das Vogtei-, Jagd sowie Fischereirecht zusprach. Diese Rechte beschränkten sich allerdings auf die Ländereien und galten nicht unmittelbar für die Wohngebäude und die Bewohner des Martinshofs selbst. Hier behielt der Abt von Alpirsbach all seine Rechte. In den Folgejahren kam es nicht mehr zum großen Konflikt, das Interesse der Fürstenberger am Martinshof hielt aber noch bis ins 19. Jahrhundert an.